在各項檢體報告尚未出爐前，因上述旅行團攝食地點多，尚難判斷為哪間餐廳所引起，為預防疫情持續擴大，衛生局於6月30日即向中央疾病管制署申請啟動流行病學調查機制。在調查尚未完成前，當日並即刻派員會同縣府觀光旅遊處同仁進駐綠島鄉。晚間也邀集島上餐飲、民宿、輪船等業者及鄉公所、東管處等人員共計42人，進行餐飲衛生、預防食物中毒及諾羅病毒預防等衛生教育。由於考量到生鮮貝類具有較高之安全疑慮，當晚也要求綠島各大餐廳暫時停止供應生蠔。這段期間綠島鄉衛生所加強各大餐廳餐飲衛生稽查及傳染病防治工作。
7月8日接獲食品藥物管理署報告通知，採集之二件「生蠔」檢出諾羅病毒陽性，顯示該批生蠔已受病因性微生物汙染。衛生局於當晚立即前往本縣供應商「和記商行」進行產品封存，另綠島地區庫存也於進行封存，經查來源進口商位於高雄市及新北市，衛生局也於9日以電話及公文通知二家衛生局，進行源頭察查。至於進口商欲提出申請複驗部分，經詢食品藥物管理署已無剩餘檢體，故未予受理。
今日（16日）上午接獲食品藥物管理署食物檢體細菌性報告，結果均呈陰性，本案檢體報告均已全數出爐，其中2件「生蠔」檢出諾羅病毒陽性，人體檢體9人檢出諾羅病毒，確定諾羅病毒為引起本6件通報案之主因，台東縣衛生局後續將依據食品安全衛生管理法進行相關餐飲業者處辦。
衛生局對於本案積極處置、採驗，在檢驗報告尚未出具前及召集業者暫停供應生蠔之防性措施已達主要防治功效，除此之外並啟動流行病學調查機制以查察其他可能潛在之危險因素，至7月1日迄今已超過2星期，無新增案例。但為因應綠島旅遊旺季大量觀光客之湧入，衛生局在此仍要強力呼籲餐飲業者務必特別加強食物中毒之預防，1.要洗手：調理時，手部要清潔，傷口要包紮。2.要新鮮：食材要新鮮，用水要衛生。3.要生熟食分開：生熟食器具應分開，避免交互污染。4.要徹底加熱：食物中心温度應超過攝氏70度。5.要低温保存：保存低於攝氏7度，室温下不宜久置。以維護遊客之健康及安全。
訊息來源：台東縣政府