在經濟部產業升級輔導政策之下，由食品所主導並納入工研院、石資中心及中衛中心等法人之能量成立的產業升級轉型服務團離島分團，持續輔導澎湖特色產品創新研發，在103至104年度年間，離島分團已協助建立與活化澎湖仙人掌產業鏈、拓展澎湖特產網路與宅配流通等成果，同時並協助米食大賞最佳創意獎和澎湖海味達人開發特色產品上市，並將仙人掌產品外銷至大陸，預計可提升產值超過新台幣400萬元。
經濟部為協助產業創新發展以因應全球自由化浪潮，成立「產業升級轉型服務團」。並針對金門、澎湖、馬祖及蘭嶼、綠島等離島成立離島分團，由食品所主導並納入工研院、石資中心及中衛中心等法人之能量，共同協助離島產業創新升級。
食品所表示，澎湖具有豐富的地方特產原料，例如小管、丁香魚、仙人掌果、海藻、南瓜、風茹草等，食品所協助當地業者進行配方設計、導入新的加工製程技術、以及改良加工設備，將這些特產原料開發成具有健康特色及文化內涵的產品，例如仙人掌麪線、海藻麪線(五行麪線)、紅欉爆米花球、丁香魚乾等，提高其品質、安全與附加價值。
協助建立與活化澎湖仙人掌產業鏈，食品所表示，澎湖縣政府自98年度起，聯合當地產業成立仙人掌產業聯盟，進行食品、生技、文創產業加值與行銷推廣，然而卻碰到仙人掌色澤不穩定影響產品品質等問題。為解決產品開發所遭遇的問題，食品所結合台灣建昌食品公司的高溫短時間殺菌技術能量，同時協助澎湖在地業者進行產品配方開發，並導入安全與品質提升技術，不僅保留仙人掌產品特殊的紅蘋果色澤，更使澎湖特色產品擴大外銷市場。
協助拓展澎湖特產網路與宅配流通，食品所表示，為使澎湖特色料理能拓展觀光市場以外的網路與宅配通路，食品所協助當地4間傳統食品製造廠商，運用包裝封口技術，開發微波盒裝仙人掌炒飯、石鮔滷排骨、海盔甲花生湯、海香菇等澎湖風味料理，以及仙人掌冰品與海藻冰等，同時符合食品衛生安全法規。產品已可生產流通上市，不僅改善廠商作業效率與衛生條件，亦提升產品品質與使用便利性，有效確保消費者食用安全。