衛生局表示，「台北市食品安全自治條例草案」計有5章20條，內容涵蓋將食材登錄平台賦予法源、規定散裝食品需有清楚標示，以及食安問題時，實體和網路通路業者皆需在48小時內下架等創新規範。
衛生局說，近來黑心食品風暴中，衛生單位化身為檢調辦案，未考慮食品產業永續發展，因此自治條例融入輔導及教育的精神，衛生局應輔導協助食品業者自主管理，由事後稽查的被動角色，轉為事前主動輔導。
衛生局說明，例如目前「台北市食材登錄平台」屬自願性參加登錄，未來自治條例將賦予法源基礎，包含北市連鎖賣場、連鎖飲冰品商家、學校午餐等經公告的業者，都應照實登錄食材來源與檢驗報告，違規者可罰新台幣3萬到10萬元罰鍰，且可按次累罰。
食安自治條例也將零售市場及攤販臨時集中場納入管制，如年貨大街或農產品促銷市集等傳統零售市場，主辦者需於設攤前報備；市集販售的散裝食品，也必須清楚標示保存期限與產地來源等資訊。
若發生食安問題時，自治條例規定食品通路業者須於24小時內自主通報，48小時內不論實體或網拍通路，皆需將產品和及網拍資訊下架。
另外，衛生局說，食安自治條例從嚴規範台北市的食品添加物販售業者，應對下游業者和使用者提供正確的使用方法說明，包括提供檢驗合格報告；衛生局公告的食品業者，也應定期自行檢驗販售產品。