除了草屯鎮垃圾爆量之外，南投市的家庭垃圾堆置量，目前估計也有1千公噸，加上大型家具以及廢棄樹枝，總量將近5千公噸，大量堆積的結果，4月初還曾產生自燃現象，火勢延續2週才全部撲滅，市民們對垃圾越來越多，無法諒解，揚言不排除發動抗爭，南投縣政府最近積極協調，有4個縣市同意協助清運垃圾，不過8500公噸的垃圾要全部清完，至少還要3個月。
暫存於南投市清潔隊的垃圾堆，在4月的乾旱高溫下，出現自燃現象，火勢經過2個禮拜才完全撲滅，讓市民們罵聲連連。
南投市長 宋懷林：「再加上這次天乾物燥，又引起這個焚燒，更造成我們空氣的品質惡化跟惡臭，我們的里民都快要受不了了，所以我想說這個問題，真的非常的大，而且非常的嚴重。」
南投市民 李月華：「夜晚時間從10點過後，經常就會聞到很臭的味道，有時候臭到窗戶都不敢開，都要關著。」
最讓市民擔憂的，就是這處位於水源頭周邊的垃圾轉運站，如今卻被迫成了垃圾堆置場，目前垃圾更已堆置到大排水溝旁，市民擔心大雨一來，環境汙染將難以估計。
南投市三興里長 賴元周：「如果說大雨下來，所有南投市，這些汙水就往南投市區流，你看這些有沒有很可怕。」
南投市漳和里長 張幸生：「不到100公尺，就到同源圳的步道，不到100公尺，你看有多恐怖，這裡是高級住宅區，垃圾堆這麼多。」
南投市公所清潔隊表示，累積4年的大型家具，加上廢棄樹枝的堆置，讓清潔隊每天都疲於奔命，深怕再發生火災，有市民揚言，垃圾若再繼續堆下去，將不惜發動抗爭。
南投市公所清潔隊長 黃政寬：「以後如果有特殊狀況的時候，如果引起火點的話，我們真的沒有辦法想像，這個後果。」
南投市三興里長 賴元周：「那是一定要抗議的，漳和及三興2里和市區這些，大家都要聯合起來，看要怎樣來處理，怎麼可以說不去抗議。」
全縣超過8500公噸的堆置垃圾，可說是南投縣長林明溱上任後的第一大難題，深怕會引發街頭垃圾大戰，經過積極協調，目前已經獲得苗栗縣、台中市、嘉義市、高雄市的初步允諾，每天可以協助處理260公噸的垃圾，6月份起，每天還再增加100公噸的處理量。
南投縣長 林明溱：「6月份可能一天，就可以達到處理360噸，可以把已經囤積8500噸的，趕快，繼續的在幾個月裡面把它處理乾淨，所以垃圾危機從今天開始，我們就達到我們預期的目標，每天250噸的垃圾，可以運到外縣市來焚燒。」
南投縣環保局表示，儘管垃圾已恢復外運，但預估還要3個月，才能消化掉暫存的垃圾，也呼籲縣民要加強垃圾分類，環保局將不定期派員抽檢，並對未確實分類的民眾開罰，而南投市公所也對於目前垃圾落地的轉運方式，提出改善計畫，希望環保署能盡快審核通過，才能避免市區再出現垃圾落地的轉運情形。