針對北市府廉政委員會決議將馬總統移送檢調偵辦，總統府發言人陳以信轉述，馬總統對此表示「強烈遺憾」，總統也強調自己可以接受外界最嚴格檢驗。陳以信轉述：『(原音)馬總統對此表示「強烈遺憾」，馬總統強調，擔任台北市長時，所作所為全是依法行政，為台北市民福祉著想，從來不曾圖利任何廠商，可以接受外界最嚴格檢驗。』
陳以信並指出，台北市長柯文哲上週就說過大巨蛋案「合法」，台北市政府法務局長楊芳玲7日也在台北市議會專案報告中親口承認大巨蛋案「合法」，認為大巨蛋「合約本身合法性無問題」，既然身為委託人，而且是體制內的市長與法務局長都說「合法」，廉委會憑什麼堅持移送？體制外的廉委會今天非要將總統移送檢調偵辦不可，不只是逾越體制「違法濫權」，根本還是「先射箭再畫靶」，刻意「政治迫害」、入人於罪。
陳以信進而質疑，廉委會在調查大巨蛋案時，全然不曾考慮政治迴避，以致調查過程遭外界質疑是「政治辦案」，尤其廉委會中負責調查大巨蛋案成員一位曾是扁案律師、一位曾是謝長廷助理、一位曾是陳菊辦公室主任，政治立場非常清楚，使得調查結果給人高度政治性聯想，已經嚴重傷害廉委會與台北市長柯文哲的公正性與公信力，他認為柯文哲應該向台北市民說明清楚。