針對金門牛隻感染從未在台灣出現過的A型口蹄疫，農委會在8日召開專家會議確診案例後，防檢局也同步召開防疫諮詢小組會議，決定採取嚴密防疫措施，以阻絕病毒傳播。
由於牛隻飼養為半開放式，為避免病毒擴散，除了案例場的175頭牛將全面撲殺外，鄰近場域的另外100頭牛也將同步撲殺，並採取全額補償，熟齡牛隻1隻可補償約新台幣10萬，同時加強動物的移動管制及監測。為防堵金門A型口蹄疫病毒入侵台灣本島，農委會也將強化邊境管制，特別是金門名產牛肉乾，旅客都不得再攜帶入台。
防檢局長張淑賢表示，經過一系列防疫管控，如果未來3個月內沒有再發生疫情，就可以宣布疫情獲得控制，屆時台灣還是有機會向世界動物衛生組織(OIE)申請成為施打疫苗的口蹄疫非疫區。張淑賢說：『(原音)未來疫情如果能夠有效的控制，透過我們一發現、即早確診撲殺之後，3個月內沒有其他疫情的發生，就可以宣告疫情已經有效的控制，又恢復我們原來的施打疫苗。到目前為止，在O型的部分，都沒有發生案例的情形。我們還是有希望再跟OIE申請，成為施打疫苗的口蹄疫非疫區。』
張淑賢也指出，台灣本島從1997年發生口蹄疫事件後，病毒都以O型為主，近幾年也以施打疫苗控制，期間雖然都有發生案例，但從2013年5月27日至今已快2年都沒有傳出案例。因此，只要這次金門疫情控制得宜，不讓病毒入侵台灣，台灣還是有機會在7月向OIE申請成為施打疫苗的口蹄疫非疫區。