綠藤生機指出，「看外觀」注意芽菜是否有傷口、是否倒塌，一般已經採收的芽菜比較不耐擺，因為採收傷口容易滋生壞菌，只要站的直挺挺的就是鮮活的表現，帶有根部不僅是芽菜生命力的象徵，也是最原始的風貌。
「清洗後再吃」，可有效避免大腸桿菌感染，除了豆芽、豆苗等習慣熟食的芽菜以外，大部分芽菜清洗後再生食，才能攝取完整營養，因為芽菜含有豐富的營養與珍貴的酵素，酵素通常在攝氏55度就會被破壞。
「了解生產者」，消費者了解生產者與種植方式，才能確保產品品質安全，因為濫用滅根劑、生長激素、漂白劑快速養出白白胖胖的芽菜，在業界不是秘密。
主婦聯盟發起人、台大園藝系博士林碧霞指出，傳統芽菜採收與漂洗的過程是滋生壞菌的關鍵，大桶大缸浸泡生長環境潮濕，又大量灑水漂洗，容易受到環境與工作人員污染，漂洗的過程容易受到損傷，芽體營養液隨著傷口流出，加上長時間的浸泡，更會增加壞菌的滋生。
衛福部食藥署要求芽菜類應符合「生食用食品類衛生標準」的要求，大腸桿菌群不超過1100 MPN/g，建議綠豆芽、黃豆芽、苜蓿芽、豌豆苗等非即食生鮮芽菜，應加註「須清洗後食用」。