此次稽查，食藥署及台南市衛生局主要關切台鹽公司以非食品級用途通關代號，進口屬於食品天然鹽並製成食用鹽，未符主管機關報關認知而開罰，並非食安問題。
台鹽說，反觀若屬食安疑慮，主管單位3月中旬到台鹽稽查時，當時便會採取預防性下架，不會延宕迄今。這項疑慮，台南市衛生局以及食藥署所公布的稽查結果已澄清。
部分媒體報導台鹽為了節省1%關稅，才未以食品級通關代號報關。台鹽強調，與事實不符，食品級曬鹽報關也可以用零關稅進口，但當時未以食品級報關，主要還是因為與主管機關認定不同所致。
台鹽認為，本案以進口符合食用規範曬鹽，投擲於滷水後，經過嚴謹製程製造成食用鹽品，並非直接包裝出售。依食安法第30條第1項規定，應不屬於申請查驗標的，所以才未用食品報關，造成與主管機關對法令的認知差異。
台鹽公司表示，因認知落差採取申報方式不同，完全不是為了逃避1%關稅，部分媒體以此原因報導，應為其誤解所致。
台鹽說，通霄精鹽廠長期維持存放足供該廠雙月使用，符合食鹽規範進口天然鹽，以確保穩定生產供應市場需求，完全沒有所謂為求快速通關，規避查驗必要。
台鹽公司指出，對於食鹽安全及國民健康重視程度，與主管單位一致，但因台鹽公司以技術管理角度出發，與主管機關思維角度不同，所產生的行政瑕疵，尊重主管單位指導，並已於去年11月因為主管單位認定更趨明確，已主動自行改善。