由於傳統醫療領域臨床照護少見於對性別差異特別的關注，許多民眾或許會疑問醫療不是中性的嗎?事實上性別與健康之間是有關連的。由於男性與女性其不同的生理特性，生活與工作環境的差異，及其所扮演的社會角色不同，所帶來的健康問題也有所不同。如女性好發的子宮頸癌、乳癌，可歸因於生理構造上的不同，而特別出現在男性的口腔癌則跟社會文化中男性吸菸及吃檳榔有顯著相關。但即使是肺癌，男性與女性的好發因素也可能不同。因此，在臨床上如果僅就疾病部分思考，沒有加入性別思維，照護品質及防治成效都可能不足。
為落實以病人為中心的理念，台南新樓醫院每年辦理性別教育課程，強化醫事人員性別意識的知能教育，希望對不同性別的需求及背景能思考及了解，進而納入照護過程中。同時為提供性別主流化的醫療環境，於門診區、婦產科病房、小兒加護病房皆提供獨立、溫馨、隱密、安全舒適的哺乳環境，並有專人負責定期檢查設備、清潔維護。病人就診且醫師看診時，皆有女性護理人員陪伴婦女診療，以確保就診隱私。為提升女性民眾對婦女癌症的篩檢認知醫療便利性，並建置診間提示系統與提供親善、快速門診，透過醫療環境、制度面的具體作為，落實以病人為中心的性別友善醫療照護環境。
未來該院將再增設更年期照護門診，建立諮詢窗口及支持團體，透過跨團隊照護關心有相關症狀的婦女其健康狀態，建立完善的更年期婦女支持網路。讓女性有適當的管道，並在獲得充分健康資訊的情況下接受醫療處置，尊重女性就醫權益。