小琉球垃圾都是運到本島屏東縣崁頂焚化爐處理，由於清運垃圾的環保署「離島建設基金」3月才核准，小琉球每年從年底到隔年年初幾個月，都得等到環保署補助經費到位後才能清運，是垃圾清運的空窗期，而今年更因垃圾爆量堆積的垃圾沒有處理妥善，4個月沒清的垃圾發出陣陣惡臭，惹來居民、遊客詬病。
潘孟安從韓國返國後，今天就前往小琉球關心垃圾問題，認為民生垃圾已經造成防疫問題。潘孟安表示，縣府已緊急調撥新台幣250萬元協助垃圾清運，1天2個船班加速清運速度，要求在5天內清運完畢，並從每月垃圾清運改為量到就運送。
潘孟安要求在5天內清運完畢，下午轉運第1批垃圾返台焚燒。
環保局長魯台營指出，小琉球平日一般垃圾量約4噸，但一到假日就會爆增至8噸，倍增的垃圾量未來將向遊客徵收清潔費，以目前每年42萬的遊客量，1人如果收10元，就有420萬元，專款專用，就不會再發生因離島建設基金晚撥付的垃圾清運空窗期。