小琉球蓋有焚化爐，但因垃圾量不足，導致垃圾運到本島處理，反而比在島內焚燒便宜，焚化爐僅運轉2年就因機具鏽蝕而停擺；不過，屏東縣琉球鄉因沒錢跨海運送垃圾至屏東縣崁頂焚化廠處理，多達850公噸垃圾堆置於島上，焚化爐成為垃圾堆積場及資源回收場，散發惡臭。
行政院環境保護署今天表示，3月17、18日曾前往小琉球勘查，發現原來小琉球的垃圾運轉契約早在民國103年底到期，隨後因沒有運轉契約，才導致垃圾持續堆積島上。
環保署說，3月16日已決議補助小琉球新台幣1000萬元，立即啟動垃圾轉運及焚化作業，並且加強消毒及環境維護作業，盼解決垃圾問題；此外，也要求小琉球應採跨年契約或保留後續擴充權利，避免再出現無法及時轉運垃圾情形。
環保署另指出，目前已和琉球鄉長陳隆進聯繫，研商預算審核程序和招標程序併行可行性，琉球鄉公所將於明日啟動打包作業，3日內緊急啟動轉運作業。