根據行政院提出的修法版本指出,由於全球化、資訊化的時代來臨,國家安全的威脅已不再限於實體,甚至已擴及資通安全,恐怖主義分子或網路駭客都可能藉由網路入侵台灣,進行破壞,因此行政院提案新增國安法第2條之2,將台灣國安維護的範圍擴大到網路,這部分與民進黨的修法版本方向一致,朝野有共識。
不過,行政院也提案修法新增第5條之2,政府為維護機密、防治滲透、執行安全防護,國安保防工作的適用對象包括民間團體、民營事業機構等,必要時可對相關人員採取必要的管制措施,遭在野黨痛批根本是白色恐怖,在野黨立委紛紛表示不可能通過這麼具爭議性的法案。