慈濟因為內湖保護區開發案，引發財務不夠透明等更多爭議，時事評論員、前民進黨立委沈富雄表示，台灣都會區的醫療資源搭配全民健保已經足夠了，要蓋醫院可以到偏鄉地區，或者應該著重在老人安養的部分，他呼籲慈濟的大德們不要整天把慈濟當企業在經營，既然有本事募這麼多錢，就應該要好好想想，當前社會上最需要的是哪一塊。
沈富雄2日在中天電視台「台灣顧問團」節目中表示，現在大家很明顯地看到，慈濟拿了比其他公益單位多了至少一百倍的捐款，但所公佈的收支狀況卻不如其他較小的團體，更讓人詬病的是，慈濟在新加坡、美國，都知道該怎麼做，在台灣卻因為政府無能，應該公佈的財務內容變成「能簡化就簡化」；而因為內湖保護區開發案，衍生出這麼多風波，可能會讓慈濟成員感覺「很嘔」，但其實他們不需要這樣想，因為這是一個讓慈濟能夠有內省的機會，該改就要改。
沈富雄並指出，雖然大家都認為慈濟做了很多好事，但其實有很多地方是值得檢討的，慈濟拿了那麼多的錢，囊括了台灣絕大部分的善款，是否更應該要戒慎恐懼？這兩天與台灣醫界大老餐敘，其中的1名醫界大老與上人很熟，他透露曾一度向上人建議說，現在的台灣並不需要慈濟再開醫院，因為任何人生病，全民健保都已經能給予照顧了，慈濟還能夠做到哪些是全民健保所不能做的？是不是應該換個角度想，例如現在有很多孤苦無居的老人家，面臨著晚年安養問題，那為什麼慈濟不去做這一塊？
沈富雄說，慈濟現在的問題是「做得太大、太成功了」，而負責處理「俗家之事」的人，大概就是一些榮董、常董，但這些人竟會因為「捐款差異」而規定不一樣的衣服、配飾，既然這些人會有這樣的想法，那麼可以想像得到，他們開會時所討論的內容，恐怕不是「哪些人需要幫忙」，而是「醫院業務何時可以趕上某某醫院」等。這些人的想法已經是落入俗套，與俗人相去不遠，這也不叫做「功德」了；慈濟既然有本事募得這麼多錢，就應該要想一想，社會上最需要的是哪一個區塊，今天的風波也是一個機會，讓大家能自我反省。