媒體報導指出，鄧家基下午1時40分到台北市前進指揮所，但沒到臨時碼頭邊指揮所瞭解，只在北市指揮所聽取沒有「下水」打撈的南港區公所、台北國際航空站人員「簡報」打撈進度，還脫口說「不會開飛機，經常搞飛機！」、「多發生幾次就見怪不怪」等玩笑話，聽在一旁空難家屬耳中格外刺耳。
鄧家基表示，他是在跟民航局副局長李萬里講說「大家救災都通力合作，沒有關係，有人說我們不團結、不和諧，這種報導多了就見怪不怪了」，針對意外災難，他不可能去提到所謂的見怪不怪說法。
他說，可能傳聞有誤會，也希望能盡速釐清此事。
關於「不會開飛機，經常搞飛機」說法，鄧家基表示，因李萬里是開飛機出身，所以他在跟李萬里打招呼時，才回應李萬里不會開飛機但搞過飛機，此說法絕無惡意，若造成誤會，感到非常抱歉。
鄧家基指出，意外發生首日的第一時間，他就趕到現場坐鎮指揮、全力救災，希望可以盡快找出失蹤旅客，並在現場指揮待到隔天凌晨；同時，昨天和今天也都前往現場關心，他非常關心救援進度，也希望大家同心協力讓一切都圓滿完成。