教育部表示，大學系統的法源來自「大學法」第6條，「大學得跨校組成大學系統或成立研究中心」，教育部並訂有相關班法，規範系統主席選任程序、委員會任務、經費來源等。並非如自由時報報導，無法可管。
人員部分，教育部規定總校長或主席，必須由系統內各校人員兼任，報教育部或所屬地方政府核准後聘用。經費也由各校提撥，按照既有會計系統管控和核銷。
至於自由時報報導質疑，中央研究院院士曾志朗已接近70歲卻仍擔任台聯大系統總校長。教育部表示，大學系統不算教育部所屬各級學校，因此不適用「教育人員任用條例」大學校長65歲以下限制。