根據世界動物衛生組織OIE的規範，國家面臨大量動物撲殺時，應該兼顧防疫與動物福利，建議的撲殺方式主要為二氧化碳(CO2)或加上一定比例的惰性氣體，例如氬(Argon)，同時必須在最短時間內完成撲殺。目前農委會對於大量撲殺也訂有「防範家禽流行性感冒(H5、H7 亞型)緊急應變措施手冊」。
不過，動保團體台灣動物社會研究會30日指出，農委會的手冊是10年前的舊版本，完全沒跟上世界動物衛生組織的最新做法，現場執行撲殺的人員也沒有受過教育訓練。他們前往養禽場現場訪查時，更發現各地方政府的撲殺方式混亂，根本沒有執行人道撲殺，許多鴨、鵝是慘遭活活悶死、壓死、甚至燒死。
台灣動物社會研究會執行長朱增宏指出，整個撲殺過程不但慘無人道，而且很多家禽在送往化製廠的途中還在掙扎、沒有死亡，是防疫的一大漏洞。他說：『(原音)你在運輸過程中，動物還活著，運輸過程中疾病還會傳染，我們拍到的那個卡車，不是所有的卡車我們都拍到，但是我們拍到的，他就是這樣開放式的運到六輕焚化爐，你敢說你們的防疫這樣沒有問題？』
面對動保團體的指控，農委會畜牧處處長李春進坦言，在疫情爆發之初，撲殺確實趕不上確診，在運輸上也的確有瑕疵，相關單位已經檢討改進。對於撲殺不人道的問題，防檢局副局長施泰華則強調，地方政府一定有按照規定作業，現在的規範也沒有問題。