南投縣自來水用戶徵收垃圾清理費以按用水量徵收，而非自來水用戶則以按戶定額徵收方式為主。自「南投縣非自來水用戶一般廢棄物清除處理費徵收作業要點」(本作業要點)公告以來，為提高南投縣非自來水用戶垃圾清理費的徵收成效，以確實反映「污染者付費」等公平正義原則，環保局已著手進行南投縣「南投縣非自來水用戶一般廢棄物清除處理費徵收作業要點」的修正作業，同時進行本縣13個鄉鎮市垃圾清理費徵收暨管理系統的整合作業，期能藉由更明確開徵的程序，以及有效管理系統的平台，確實反映南投縣徵收垃圾清理費的成效，提高徵收率，達到公平正義的目的。
環保局表示，南投縣目前自來水普及率僅約78%，自來水用戶隨水徵收垃圾清理費已普及多年，但非自來水用戶徵收垃圾清理費方面，卻一直面臨無法有效提高徵收率，在考慮公平正義原則前提下，擬加強管理非自來水用戶徵收垃圾清理費的決心，對於歷年均無繳交垃圾清理費紀錄的非自來用戶，亦將據「廢棄物清理法」第六十六條規定，移送法務部行政執行署強制執行。
故期待全體非自來水用戶的縣民能夠體諒並配合此作業的修正及管理，以確保所收取的垃圾清理費能夠支付垃圾清除處理等相關成本，維持南投縣垃圾清理體系的運作，並符合污染者付費公平正義的精神。