南台灣的屏東農科園區亞太水族營運中心，主要是希望能夠推動台灣觀賞水族動物及其周邊產業發展，因此建置18間的水族專業標準廠房，目前進駐亞太水族中心有10家水族業者，多以出口為主。
由於台灣和中國大陸並沒有建立相互認證的生物安全管控系統，因此台灣水族運銷大陸，依照規定需要隔離檢疫30天，不僅增加倉儲成本，也嚴重影響存活率，導致水族業者只能透過小三通小量輸出，和他國相較，在中國大陸市場較沒有競爭力。
因此，農委會畜衛所在去年進駐農科園區，並同步啟動園區內水族專業標準廠房生物安全管控系統，在檢疫區檢驗不合格者就予以淘汰，不再進入廠房一般飼養區內飼養，節省業者成本。
至於畜試所進駐農科，也讓業者出口檢驗、檢疫通關，可於一站式服務，時程由7個工作天，縮短至3個工作天，急件更可於1天內完成，大幅縮短觀賞水族生產端到消費市場端的產銷距離，提高台灣外銷接單及發貨的競爭力。這近半年來，已服務逾百件的檢疫案件，這些業者保守估計每張檢疫證的發放約有25到35萬元的產值，目前已加值約新台幣2,500至3,500萬元產值至台灣觀賞水族產業。
目前台灣水族動物的外銷市場主要為歐洲，包括德國、英國與荷蘭，占出口約7成，其餘則為亞洲的新加坡與韓國等地，其中以觀賞玫瑰蝦及水晶蝦為水族動物出口大宗。