柯文哲強調，「work smart, not work hard」，要思考提高工作效率，而不是延長工作時間，工作流程要整個改造；但他會較寬鬆看待薪水較少人員及工友，將加班費視為補貼薪資。
北市府加班費、交通補助法源分別為「臺北市政府所屬各機關員工加班注意事項」、「 臺北市政府所屬各機關學校補助員工交通費注意事項」，柯若一刀砍下，不用經過市議會審查。人事處長懷敘說，草案沒出來，目前沒辦法說具體內容。勞動局長賴香伶則說，市府公務員的工作內容的確要調整、簡化，但技工、工友、清潔隊員適用《勞基法》，加班費視為勞動條件，不贊成市府片面更改，一定要跟工會協商。
公務員陳小姐說，耳聞有些人戶籍在桃園，在台北租屋，卻仍以桃園地址虛報交通補助，其實交通補助不多，砍掉也沒關係，但反對拿掉加班費，不少人每個月加班卅、四十小時，早已超過廿小時上限，補假休不完、被吃掉，加班費是血汗公務員的精神糧食、小確幸，取消就太不公平了！
另一名女公務員說，交通補助費本來就是多的，「像額外賺到」，沒有也沒差，市長要刪就刪。至於加班費，很多事情都是上層很晚才交代要做，才會加班，「不然誰想加班」，晚上下班還要做家事與照顧小孩，如果提高工作效率，讓大家準時下班，這是最好的。
柯文哲則說，「我不會把每一個人當蔡璧如（市長室主任）用，你們放心，蔡是特殊材料做的，她不用加班費。」媒體問，公務員會不會受不了逃跑？柯說，「不會啦、不會啦！妳都沒有受不了。」