一、停灌補償依休耕或轉作提供多種方案：農委會依經濟部「農業用水調度使用協調作業要點」為依據，計算被調用地區之稻作農家賺款，另加5%反映物價成長幅度，以此公式計算出明(104)年一期作每公頃停灌補償標準：(1)休耕且種綠肥為85,000元、(2)休耕不種綠肥但有翻耕為78,000元、(3)轉作其它作物為39,000元，農民可依耕地狀況自行選擇。
二、經費來源：本次停灌補償估計經費約30億元，由相關部會共同籌措。以本次乾旱休耕種植綠肥為例，每公頃補償85,000元，其中，農委會負擔一般休耕給付，每公頃最高支付45,000元，其餘由經濟部、科技部等單位分擔。
三、停灌補償對象：目前稻作栽培大部分為自耕農，即停灌補償由農民領取；如有承租簽訂合約者，停灌補償費則給付予實際耕作人(即承租人，因地主已向實際耕作人收取租金)，至於地主與實際耕作人分配比例得由租賃雙方自行議定，或依租賃契約約定辦理。99年辦理乾旱休耕補償時，即依此模式運作，並無爭議情事。
四、對於受影響相關業者提供貸款寬限措施與輔導：
(一) 水稻育苗業者：每公頃最高補償1,500元，此外，農委會可協助其辦理明年第一期作稻種冷藏保存事宜。
(二) 農貸寬限措施：政策性農業專案貸款，如農機貸款、小地主大佃農貸款及輔導農糧業者經營貸款等，在停灌期間償還貸款有困難者，本金償還期限可展延6個月，展延期間免收利息。
五、糧食供應無虞，密切監控糧價：明年一期稻作停灌面積約4萬1千餘公頃，其中種稻面積比例約54%，減少稻作面積約2萬2千餘公頃，影響糙米產量約12萬公噸；目前政府庫存公糧尚有87萬公噸糙米，其中一年內新期米33萬公噸，整體稻米供應無虞。此外，該會將密切監控糧價波動，以維持物價穩定。
農委會強調，本次停灌係因氣候變遷缺水所致，該會積極與相關單位密切合作，協助農民順利申領補償金，並主動加強對受影響農民與業者的溝通輔導，以維護其權益，特別是對於近年配合農委會農業政策轉型之專業農民，該會將主動聯繫溝通並提供協助。最後，該會呼籲各界共體時艱，配合政府的節水措施，度過缺水難關。
訊息來源：行政院農業委員會