行政院功能業務與組織調整暫行條例年底失效。包括農業部、海洋委員會在內，還有7個部會組織法尚未通過。
立法院長王金平下午召集朝野立法院黨團協商。會議雖沒簽成朝野協商結論，但朝野黨團大致上對蒙藏委員會合併至行政院大陸委員會有共識，未來組織法通過後，陸委會下將設蒙族事務處和藏族事務處處理相關事宜。其他還有待黨團內部凝聚共識，或者部會再行溝通協調。
王金平會後表示，剩下幾個法案要協商的都是其中一小部分。這會期有機會通過所有組改法案。
行政院組織法民國99年2月3日修正公布，行政院從37個部會減為29個部會，成為14部、8會、3獨立機關（中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會）、1行（中央銀行）、1院（故宮博物院）、2總處（主計總處、人事行政總處），並自101年1月1日開始施行。
組織法尚未通過的部會包括農業部、經濟及能源部、海洋委員會、內政部、交通及建設部、環境資源部、大陸委員會。