前總統陳水扁到底該不該保外就醫甚至特赦釋放？各方爭議不休，前立委邱毅表示，這是政治問題，也就是透過馬英九總統給予特赦來解決，但陳水扁一定要先道歉、懺悔，並將不法得到的錢還給國家，這個基本底線是不能違背的。
邱毅10日在TVBS「台灣新政局特別企劃」節目中表示，大人每天告訴孩子說「法律之前人人平等」，現在卻又說陳水扁因為當過總統，因此可以與別的受刑人享受不一樣的待遇，這是說不通的。
邱毅認為，要不要釋放陳水扁基本上是個政治問題，既然是政治問題，就不要再去搞涉及醫療專業的保外就醫部分，而是由馬英九總統給予特赦，但「有罪之人」才有特赦可言，陳水扁自己也承認過，他曾經做了法律所不許可的事情，而現在當紅、擔任「小英教育基金會」董事的姚立明，也曾經指控陳水扁在日本藏了300億元，陳水扁為此提告但敗訴，姚立明獲得不起訴處分。
此外，邱毅還說，陳致中當時為了不被羈押而跟法官承諾，承諾要歸還藏在海外的26億元，將要匯回台灣還給國家，這才避掉被羈押，這都是白紙黑字、鐵證如山的事情，既然自己都承認做了法律不允許的事情，總得道歉、懺悔、把錢還回來，也才有特赦可言。
邱毅進一步表示，在其他國家確實有總統因為貪污，入監服刑後再放出來，但那些國外的違法總統有道歉、有懺悔，有把貪污的錢拿出來，但是陳水扁有嗎？這個基本的底線是不能違背的。