曾經擔任台北市教育局局長及台灣省教育廳廳長的台聯黨主席黃昆輝，在與柯文哲會面時，談到不少12年國教的問題。黃昆輝不贊成12年國教，認為目前比較重要的是加強技職教育。
柯文哲則表示，教育是百年大計，必須慎重處理，而且在這次選舉中，藍、綠的支持者都不滿12年國教，所以他一定會更謙卑面對民意。柯文哲：『(原音)在專業、價值跟民意當中總是要有平衡，現在講得很明白，如果這(12年國教)是一個國民黨敗選的重要原因，就表示我們對民意要更謙卑去面對。』
至於外傳市府教育局長人選是政大教授湯志民，柯文哲表示，教育遴選委員會的確在8日投票選出湯志民，他並強調，局處首長是由市長任命，未來也由市長擔起政治責任。
另外，關於是否接受「九二共識」，柯文哲則再次表示，他還是認為雙方要在「4個互相」，就是互相認識、互相了解、互相尊重、互相合作的原則下往來，所有過去交流的廣度與深度也都不會改變，他希望彼此能在善意基礎上有更進一步的發展。