比如，在交易時間上，香港交易所早盤是上午9時30分至中午12時，午盤是下午1時至4時；上海證券交易所早盤由上午9時30分至11時30分，下午由1時至3時。
此外，「滬港通」有限額，經香港買賣A股的總額是人民幣3000億元（下同），每天額度為130億元；大陸購買港股的總額為2500億元，每天為105億元。
超過上述每天額度，交易就會暫停。
至於交易幣值，港人購買A股需要用人民幣，這可由經紀或銀行代為安排；大陸投資者購買港股需要港幣，這方面將由相關結算系統在港統一處理。
在稅收上，大陸當局公布，3年內免收兩地投資者買賣對方股票的所得稅。
在股票方面，兩地交易所可供投資者買賣的股票有限定，先前有統計指出，大陸方面有568家，港方有268家。
「滬港通」實施後，港交所會在「滬港通」專網每天更新合資格股票名單。
投資者買賣股票要經過指定券商。當前大陸和香港各有近百家券商獲准進行「滬港通」買賣。
在運作上，香港和上海交易所也有不少差異。比如上交所是T+1，即今天買進，要等1天才能賣出；港交所是T+0，可以當天買賣。
據報導，上海證券交易所股票的交易單位是每手100股；港交所股票交易的最低限額則由上市公司自行決定，一般視股值而定，股值大，最低交易股數則少。
此外，上交所有漲跌幅限制，港交所沒有，股票可暴升暴跌。