連陣營推薦的三個公民團體，分別針對柯文哲的「MG149案」、「台獨背景」及「歧視女性爭議」接連質問，但對連勝文則問「為何冒生命危險投入市長選舉」、「青年創業政策」及「婦女政策時間表」等中性議題。
台北市青年創業會輔導理事長江梅質疑，柯參加獨派團體九○八台灣國活動，撕毀中華民國身分證，表明其台獨態度，事後又說中華民國是底線，是否代表支持台獨，當選後會不會加入民進黨？
柯：當選後不加入任何政黨
柯文哲承諾，當選後不加入任何政黨，且要求一級主管退出政黨活動。
柯文哲並強調，每個人有不同過去，他個人來自二二八家庭，有「他的背景」，但問題是「我們要不要走向共同的未來？」難道要繼續分裂？他認為，台灣應有機會脫離藍綠互鬥的紛擾。
對於連勝文，江梅則問連主張提升競爭力及創業機會，其具體措施為何？連勝文則侃侃而談，指年輕人很悶，有夢想但缺機會，將由市府主導企業實習平台，提供青創企業導師服務，以多管齊下方式解決青年創業問題。
台灣競爭力論壇理事長彭錦鵬詢問連勝文，歷經癌症及槍擊，為何又冒生命危險投入選舉？連勝文表示，他從事選舉工作是希望幫城市服務並回饋社會。
連：從事選舉是想回饋社會
但彭錦鵬嚴厲質疑柯文哲私設MG149帳戶，是「超越法律的獨特價值」，問他為何不遵守法治，要如何創造北市願景？對此柯文哲強調，MG149成立時有遠大夢想，是要幫助資源不足的年輕醫師，資金若不足還用顧問、演講費捐助；柯也痛批國民黨把審計長叫去立院罵，是用國家公權力對付一個候選人，這種行為應該譴責。
台灣防暴聯盟理事長張錦麗則說，柯文哲發言及著作引發性別歧視爭議，若柯無法以身作則，如何推動性別平等業務？柯則坦言，過去服務醫界對性別不夠敏感，但不會掩飾這個問題，未來將延續現行的性別平等辦公室，透過托嬰、安親班及銀髮照顧，努力減輕婦女社會負擔。
張錦麗則問連勝文如何將性別平等融入市政業務？連勝文則說，性別不是問題，道德、能力才是問題，未來擔任市長，只要局處長有歧視言論，一定請他離開。