〔自由時報記者陳彥廷／台北報導〕連勝文昨在交叉詰問階段質疑柯文哲，過去曾說自己立場是「墨綠」，現在卻說要重開機，但山寨機重開機不會變iPhone；對此，柯反擊說，「我說過我是墨綠，當時是為了向這個社會證明你的槍傷是真的，我這樣講是為了台灣社會的和諧，但你今天在講我是墨綠的時候，你是在撕裂這個社會，謀的是你個人的政治利益！」
連勝文還質問柯文哲，「大屠殺」作者葛特曼指控柯跟中共高官吃飯喝酒、參與人體器官買賣，葛特曼在美國國會作證、最近又去加拿大國會作證，不是他說謊、就是柯說謊，未來若台北市市立醫院醫師參與人體器官仲介買賣，柯怎麼處理？
柯文哲回覆說，葛特曼的律師在十一月四日給了己方律師回函指出，「葛特曼先生對柯醫師有最高的敬意，他也不認為他是一個器官仲介者，所有台灣媒體的攻擊都是不負責任、不道德、不準確的。」且信中稱三週內會再對此問題做更詳細說明。柯並當場出具信函，稱辯論後記者會將提供給媒體看。
柯文哲說，台灣進行器官移植的醫師沒多少人，稍微打聽就知道這件事是真是假，特別是連勝文的顧問吳毅暉就在台大醫院做心臟移植。柯當場嗆連，「你明知不是真的還故意打，跟打MG149一樣，違背良心、違背你自己的良知！」
柯：這場選舉是價值的選擇
柯文哲說，自己是相信「良心」的人，在加護病房工作三十年中，當病房門關上時，「只有上帝知道我在做甚麼，我很相信良心。」因此在選戰當中，自己都跟支持者說，心存善念、盡力而為。柯呼籲，這個社會不允許違背良心的事情，「不該再這樣下去了，這場選舉是台灣歷史價值的選擇。」
針對政治立場，連勝文質問，柯文哲曾說自己立場不是淺綠、是墨綠，且說過當選市長時就是釋放前總統陳水扁的最好時機。
柯則回應，身為一位醫師，自己看待陳水扁跟看待連勝文一樣，「你們都是我的病人。」柯說，自己說過阿扁有精神病、是個廢人，與台北榮總跟台中榮總診斷哪有不同？後來也有二十一位中研院院士聯名簽字（保外就醫），醫學上不用再討論扁的議題。
柯文哲更說，身在辯論現場的台北市長郝龍斌也曾主張讓扁保外就醫，自己都還沒講這麼清楚，只是心中顧慮，若讓阿扁死在獄中符合台灣最大利益嗎？柯認為，扁的問題是政治問題，大家要有政治智慧來處理。