南方四島的交通相較其他旅遊景點較為不便，只能搭船。東嶼坪嶼與東吉嶼有漁港，西嶼坪嶼有簡易的突堤碼頭，可供交通船停泊使用；西吉嶼並無碼頭，搭船前往只能搶灘，跳上岸邊。
若要前往南方四島，可從台灣本島搭飛機或船到澎湖馬公，再由馬公包船前往，航程約60分鐘，或者也可從馬公搭交通船到望安，約40分鐘，到了望安島再包船或搭乘不定期交通船前往南方四島，約30至40分鐘。要特別注意的是，4個島之間並沒有交通船往返。
台灣本島目前並沒有固定交通船前往南方四島，不過，可接洽高雄與台南經營包船遊東吉嶼與東嶼坪嶼的船家；由台南、高雄航行至東吉嶼約需2.5至3個小時。
內政部海洋國家公園管理處長楊模麟表示，每年5月至8月海象最佳，適合前往南方四島；東吉嶼與東嶼坪嶼有居民將自家空房開放作為民宿，合計可容納10幾人，每天住宿費新台幣200元，民宿內設備簡單。