立委葉宜津9日在交通委員會質疑交通部將開放大陸貨輪直航通過被列為禁止水域的金門航道，會嚴重危及國家安全。對此，交通部長葉匡時答詢時強調，這是大陸向台灣申請，讓廈門港劉五店港區的貨輪可以無害通過小金門西南方大二膽中間一段比較深的航道，以銜接到國際航道，但此案尚未確定，也沒有時程表。
葉匡時指出，雖然相關部會開會討論此案時，國防部表示大膽、二膽之間的水道夠深、但是很窄，萬一有狀況，國軍很容易守住，但由於此事涉及兩岸談判，因此政府在考量時，也會思考我方可以獲得的好處。葉匡時說：『(原音)這裡面當然有一些討論嘛，就是說我們當然不會說就這樣他要跟我們要求開放就開放，我當然要要到一些對我們有利的、對我們發展有好處的，我才會去開放啊！因為這是一個談判的過程，我們絕對不會呢，第一個、不能危及國安；第二個、他既然跟我要好處，我當然要想辦法從他那裏拿到好處嘛，國安永遠是高的考慮。』
葉匡時指出，不僅國安單位秘書長為此開過會，馬總統也關切過此案。目前金廈小三通也有很多客輪採許可制，從廈門通過禁止水域到金門，未來即使通過此案，也必須修改兩岸直航許可管理辦法之後，才會核准大陸貨輪通過，同時也要經過申請才能航行。