食安問題層出不窮，顯示政府的食安監督機制失靈，並飽受批評。主計長林慶隆30日赴立法院報告2013年度中央政府總決算暨中央政府易淹水地區水患治理計畫第3期特別決算審核情形時指出，衛福部雖陸續建立及推動多項食品相關管理機制，但食品及農產品安全管理相關經費編列相對不足，食品及農產品標章多元，邊境查驗比率偏低，難以確保進口農產品的食用安全，有待加強辦理。林慶隆說：『(原音)經費編列相對不足、中央管理人力成長有限、地方稽查人力的配置明顯不足；另外，農產品及食品相關問題法規內容未盡契合，主管機關間的通報機制未盡落實，都影響食品安全管理的有效性，都已分別通知主管機關改善。』
另外，林慶隆報告時也表示，政府立法通過土地徵收改採市價補償，並強化公益原則在徵收程序的重要性，有助於人民財產權益的保障，但徵收計畫審議及執行尚待檢討改善，各徵收計畫的後續工程進度資訊揭露方式也待強化。
林慶隆並指出，我國科技競爭力的相關資源規劃與配置、專家學者評估及管考作業、科技人才延攬等機制都未臻健全，科技領域治理成效也有待強化。