柯文哲競選總部從地下1樓到地上2樓，共3層樓200多坪，月租新台幣50萬元。1樓稱為「公民廣場」，供民眾休息聊天、辦活動；2樓為記者會場地、發稿區，部分隔為辦公室或VIP室；地下一樓作為倉庫使用。
「公民廣場」沒大門，歡迎民眾入內，2個不同造型的柯文哲人型立牌，分別穿西裝與運動服打棒球，供支持者合照，櫃台後方牆壁上有視覺總監邱顯洵畫的柯文哲Q版畫像。
邱顯洵表示，六角形LOGO象徵柯文哲對台北市的六大願景，文宣品、展場空間櫥櫃或巨幅看板都有使用六角形元素；配色以白色為基調，代表「白色的力量」，紅色則作為重點色，代表「鐵血仁醫」。
邱顯洵說，原本總部裝潢想走有質感的「極簡風」，但預算有限，裝潢費只有160萬元，笑稱改採「簡陋風」，特別重視環境保護理念。
天花板採管線外露的做法，地板直接使用，不重新鋪設，冷氣也買二手貨，並用回收紙箱當裝飾素材。如總部中最顯眼的「公民之樹」，還有象徵「獨木舟計劃」的獨木舟，甚至房間門牌，都由瓦楞紙箱做成。
邱顯洵說，鄉下人家街坊鄰居常在樹下乘涼聊天，「公民廣場」中設計1棵大樹，塑造人與人直接交流氛圍，樹上貼著各色便條紙，是民眾寫下的願景與希望。
「公民廣場」不定期辦各式活動，如志工演奏樂器，或邀樂團表演，總部提供桌遊給民眾遊玩等。有時安排文創市集，讓民眾帶手工肥皂、二手衣物擺攤販售，還有中途帶流浪貓供人認養。
柯文哲是醫生，總部除備有急救箱，甚至還有AED體外心臟電擊器，以備急救不時之需。文宣品也別出心裁，除包包、紙膠袋與筆記本等文創小物，還有冰溫枕、牙線及棉花棒等日常用品。
談到總部風水，邱顯洵表示，找地點或設計裝潢時都沒考慮風水，但完工後有熱心志工找來風水師，他們也依建議將公民之樹塗成青綠色，並由風水師安放2座水晶陣在總部角落，保佑平安。
為落實環保理念，除用紙箱做裝飾品，邱顯洵說，大部分硬體設施，如桌椅、冷氣等，已安排好「歸宿」，選舉後都捐給慈善團體或賣給二手商店。
10月4日柯文哲競選總部正式成立，邱顯洵透露，屆時還有4個用瓦楞紙箱打造的大型秘密武器將亮相。