陸委會前特任副主委張顯耀涉嫌洩密，外界擔憂兩岸關係發展可能因此受阻。馬英九總統28日表示，兩岸關係已經制度化到一個程度，不會因為這一個個案而發生大的影響，總統說：『(原音)當然大家心理上會有一些衝擊，不過就像在世界上其他地區發生的類似案例，只要我們處置得宜，兩岸關係還是會繼續向前發展。』
總統進一步指出，兩岸關係就像一棵大樹，從樹苗慢慢長大，一定要有園丁不斷給它澆水、施肥才能長大，一旦發現樹上有害蟲，一定要以啄木鳥的態度找出並除掉害蟲，這棵樹才能正常發展，總統說：『(原音)對兩岸關係，不會是因為有了一個害蟲，就讓它發展不了，但是一旦有，就不能夠忽視，所以我們是抱著這樣的態度來看這件事情。』
總統強調，兩岸間的相關聯繫、相關協商都還在進行。
針對外界關切的兩岸領導人會面(馬習會)的問題，總統重申，在國家有需要、人民能接受及國會監督的情況下，都願意做這件事情，可是此事需要一定的條件，條件若不具備就沒有辦法處理，因此總統認為，有機會不會放棄，但如果沒有這個條件，他也不強求。