農委會28日在行政院報告「台日漁業協議簽署後執行成效」，指出協議簽署前，2006年至2012年有超過250艘台灣漁船在協議適用海域內作業遭受日方干擾，協議簽署後，從2012年的18艘大幅降低至去年的1艘。且協議生效後，台灣漁船在適用海域的漁獲量逐年增加，以太平洋黑鮪魚為例，2014年捕獲尾數比去年成長42%、漁獲量增加7萬4,972公斤。
行政院長江宜樺裁示，相關部會持續與日本協商雙方關切的議題。行政院發言人孫立群轉述說：『(原音)在外交方面，請農委會在「台日漁業委員會」平台持續會商相關部會與日本協商雙方關切議題，譬如北緯27度以北、八重山群島以南作業海域以及進一步的漁業合作等事項，以增進雙方在漁業領域的合作關係。』
江宜樺也指示，海巡署在台日水域常態派駐大型艦艇執行護漁及執法工作，以彰顯台灣在協議水域有管轄權主張；他也責成農委會持續宣導，請漁民務必在協議適用海域作業，以確保漁民生命財產安全。