張顯耀案已經進入司法偵辦程序，但後續效應持續發酵。民進黨中常會27日邀請國安會前副秘書長陳忠信報告「國家安全體系的領導與挑戰」，會中也討論張案對國安體系的影響。
民進黨主席蔡英文會後發表聲明指出，國安體系是國家公器、全民資產，不容許一人或一黨的利害而紊亂體系運轉。她認為張案對國安體系影響深遠，司法機關應深入追查。
蔡英文並表示，馬英九總統是國家元首，也是國家安全體系最高負責人，馬總統在張案中是決策者、也是關係人，因此，張案使政府威信蕩然無存，馬總統難辭其咎。她說：『(原音)在本案中是決策者、也是關係人，但是到現在為止，對全民既無任何交代，也無歉意表示，更任令下屬自行其是，甚至操弄視聽、混亂政局，導致政府威信蕩然無存，也使得兩岸與對外關係因此受到衝擊、傷害，總統個人難辭其咎。』
蔡英文呼籲政府立即改善國安與兩岸決策機制，馬總統應向台灣人民道歉，國安體系也要有人為此負起政治責任。蔡英文說：『(原音)更要呼籲馬總統向台灣人民鄭重道歉，國安體系也必須要有人為此一事件負起政治責任。』
蔡英文表示，張案嚴重暴露國安體系決策混亂、指揮機制失靈、逾越憲政份際，台灣人民不應縱容。蔡英文說，兩岸關係複雜敏感，涉及台海和平穩定與區域安全，但執政當局的兩岸決策與協商模式對內無法整合團隊意志、對外無法取信於人民，長此以往，將造成兩岸關係穩定發展的根本威脅。