政院發言人孫立群回應，根據災害防救法，有一定的順序，政院不會讓高雄沒有錢救災與重建，而是按照法令，該怎麼做就怎麼做。
依預算法規定，政院編列的第二預備金，供各機關為因應事實需要、業務量增加、臨時需要所增之經費。
據主計總處統計，截至八月初，第二預備金共動支六項、計十二．五億元。其中，衛福部社家署辦理育兒津貼不足數，預計動用十一億元；其他五項包括食藥署食安業務經費不足七千四百餘萬元 、內政部戶役政資訊系統維護費三千一百餘萬元、司法院配合通保法新增功能經費一千二百餘萬元 、財政部國產署苗栗辦事處不足經費五百餘萬元、國產署購置土地私有持份不足經費二百九十九萬元。
民進黨立委薛凌指出，第二預備金還有六十二億餘元可用；高市所面臨的狀況符合第二預備金的動支條件，難道去年勞動部、文化部都能動用第二預備金裝潢新莊合署辦公大樓，今年反而不行用來救災？
民進黨立委邱議瑩質疑，當初農委會為了補助台北市政府舉辦花卉博覽會，大方補助三十五億元，二○○九、二○一○年先給二十八．五億元，甚至在花博結束後的二○一二年到一四年，分年編列二．二一億元，作為花博展後維持經費。經濟部也在二○一○年補助花博二．五三億元，原民會、客委會、石油基金、台電、環保署也分別補助數百萬元到上千萬元不等。
她表示，馬政府都能這麼大手筆補助國民黨執政的台北市政府來辦花博，連花博結束後還陸續補助六．六三億元。現在面對關乎民眾身家安全的災後重建，中央政府為何猶豫不決，完全看不出當年力挺台北花博的大方、果決與魄力。