新華社引述中國民航科學技術研究院總飛行師劉清貴看法指，從目前已知的消息來看，惡劣天氣是飛機失事的主要原因。23日傍晚，麥德姆颱風剛剛過境，數據顯示澎湖當地風速、雨勢較大，加上飛機是夜間飛行，這些因素都會影響、干擾飛行員視線。
氣象觀測資料顯示，事發時澎湖馬公機場處在颱風尾部的逆時針漩渦中，天氣是強雷雨，西南風8級。中國民航大學副校長吳仁彪推斷，惡劣天氣情況下發生低空「風切變」可能是航班失事的主要原因。
吳仁彪認為，航班很可能在重飛過程中遭遇風向和風速的突然變化，導致飛機失速，此時由於離地面已很近，飛機沒有時間和空間恢復正常飛行狀態，從而導致失事。
香港民航處前處長林光宇告訴香港電台，台灣澎湖發生的空難，應該與天氣有關，客機可能遇上「風切變」，因為颱風剛離開台灣，雨帶仍影響澎湖一帶，氣流可能會突變。
一位不願透露姓名的資深飛行員表示，應對「風切變」是飛行員的必練項目，但這種極端情況事發突然，容易讓飛行員措手不及，「風速突然改變，下降氣流瞬間增大，超過了飛機的爬升能力，會導致飛機在拉起過程中墜地」。
「風切變」又稱風切或風剪，是指大氣中不同兩點之間的風速或風向劇烈變化。