荷蘭刑事鑑定專家二十一日在多列士火車站檢視暫時存放在數節冷凍火車車廂內的一百九十八具遺體。在登上車廂前，調查人員先低頭默哀，眾人都戴著口罩或以衣物掩住口鼻遮擋撲鼻惡臭，一旁有親俄民兵戒備。一名列車司機說，前夜一度停電影響車廂冷凍系統，二十一日清晨才恢復。
烏克蘭政府批評叛軍拒絕交出遺體，但叛軍聲稱無法信任基輔當局，只願意將遺體交給國際專家。基輔二十一日也重申，他們確定此事與俄國有關，情資顯示俄羅斯不但提供飛彈，操作飛彈的人員很可能也來自俄國。俄國國防部二十一日駁斥這些指控，並稱俄方紀錄顯示，該架馬航客機墜毀前，曾有一架烏國政府軍的蘇愷二十五攻擊機僅以二到五公尺的距離貼近該客機飛行。