農委會10日在行政院會報告「自由經濟示範區--農業加值推動情形」，高雄市副市長李永得和台南市副市長顏純左質疑示範區的農業加值格局小、加工產業會造成農民損失新台幣1,700億元、排擠台灣農產品原料，且觀賞魚產值其實不大，甚至有「圈地減稅」的現象。會中對此激烈討論，氣氛一度緊繃。
農委會主委陳保基在行政院會後記者會指出，十幾年前推動蘭花產業時，外界也不看好，但如今台灣蘭花培育技術享譽國際，因此農業轉型和升級必須透過技術，產業化之後才能走向國際。陳保基表示，台灣觀賞魚未來有機會成為亞太水族動物觀賞平台，且周邊產業競爭力強，千萬不要小看。
陳保基強調，示範區農業加值希望給台灣農業轉型升級的機會，但外界竟批評這會傷害台灣農業，他要嚴正抗議。陳保基說：『(原音)對於我們台灣農民或者現階段農業生產者的照顧絕對盡力，所以我對於很多人講說你會傷害國內農業、傷害國內農民，我要表達嚴正抗議，政府的農業主管單位怎麼會去傷害台灣的農業？』
陳保基表示，示範區特別條例第9條關於審查辦法的部分，之後將訂定子法，規定從示範區購買產品進入國內時，必須使用相同數量的國產原料，且示範區加工的農產品以外銷為主，若要進口，也必須加上關稅、營業稅，和其他進口商品是同樣條件。
他說，自由經濟示範區特別條例草案第8章規定了11條罰則，外界如果要批評，也應該先瞭解法案內容。