雲縣府文化處指出，去年主動向文化部文化資產局申請，獲得經費補助辦理番仔溝遺址文化內涵與範圍研究計畫，已於6日簽約委託暨南大學辦理試挖掘，由學者劉益昌為協同主持人，以瞭解文化內涵，建構完整資訊。
文化處指出，番仔溝遺址位於斗六市南聖宮附近，是斗六沖積平原唯一發現史前遺址，在民國94年曾由劉益昌進行小規模挖掘，由出土文物初步認為是晚於台中市大肚區營埔文化（估計距今3500年前至1500前之間、新石器時代晚期）、屬於金屬器與金石並用時代早階段的文化體系。
文化處表示，為保存在地先民生活重要文化證據，將待中央研究院研究員劉益昌完成發掘後，辦理發表及說明會，將邀遺址區域鄰近學校，辦理本土教育活動，並呼籲民眾共同守護遺址文物，不要擅入遺址區域以免造成破壞。
發現南聖宮附近番仔溝遺址的業餘考古學者陳南榮表示，番仔溝是早期原住民居住地，是繼斗六梅林遺址之後，又一考古遺址新發現。