王獻極曾自銬枷鎖到法院開庭，兩人皆不承認犯罪，答辯說是表達不同意見的言論自由範疇，不是暴力行為。王獻極主張，馬競選政見都未兌現，他為表明心聲才丟鞋，鞋子沒有丟中馬，也沒傷到其他人，馬的致詞和集會流程也未受影響；賴芳徵說，現場發放的文宣內容不實，他才將資料丟回去。
判決指出，當天政治受難者家屬與抗議人士到場嗆馬，現場帽子、球鞋齊飛，群眾大罵文化部長龍應台，馬上台後，抗議更是激烈。王、賴除擲鞋和資料，沒有其他妨害民眾報到、妨害活動程序的積極行為，難以認定有主觀犯意；且現場還有其他民眾以言行鼓譟抗議，騷動並非兩人造成，總統也仍持續致詞，活動持續進行，並未中斷。
法官認定，兩人的行為並未造成活動中止，也未妨害與會者的集會自由，不構成集遊法與強制罪要件，判兩人無罪。