兩岸服貿協議引發的最大批評就是「黑箱」，熟悉兩岸事務的相關人士坦承，行政部門低估服貿協議對民眾生活的影響，沒有做好公眾溝通，尤其是比較2010年ECFA簽署前那種「鋪天蓋地」的宣傳與說明工作，服貿經驗給行政部門狠狠上了一課。
為避免類似錯誤再度發生，行政部門推出兩岸協議監督條例，將「四階段溝通機制」納入草案，透過法律條文規範行政部門必須加強與國會和公眾的溝通工作；但外界仍質疑這種機制過於空泛，因為民眾對政府的溝通能力與誠意已經喪失信心。
相關人士指出，外界的質疑源自於政府沒做好服貿的溝通，但經歷這次教訓，行政部門不會再重蹈覆轍，希望外界對政府的印象不要停留在服貿經驗，並一直使用服貿經驗來判定政府的未來作為。
相關人士強調，為讓民眾感受到行政部門的溝通誠意與力度，未來不能只有制度設計，執行層面更為重要，無論是說明會、座談會、公聽會，甚至是網路溝通平台，行政部門都願意落實執行。如果要在協議監督條例中明定行政部門應執行的溝通細項，也都可以在立院審查時討論處理。