高教工會秘書長陳政亮指出，教育不是商品，各種公共性原則應捍衛，但現行的「自由經濟示範區推動教育創新」計畫，預定將讓國內大學以和國外大學（不含中國的大學）合作之名，在全台灣推行比照國外大學收費、學費完全不受限的專班或大學。
全國教師總工會副理事長吳忠泰也質疑，草案規劃將各種公共監理、校園民主、勞動保障法令規範，通通去除，包括取消停辦後財產回歸公有、取消校務會議架構、取消教師長聘制、取消教師解聘須合乎教師法要件、取消教師申訴制度…，無法可管的此例一開，未來台灣教育必更加朝向階層化、私有化，將是新一波的教育災難。
教育部長蔣偉寧表示，教育創新是讓國際非常知名的學校來台灣，幫助台灣從全球找到更好的學生，全球有五百萬名具有高度企圖心的留學生，所有國家都在爭取，台灣絕對不能落後，教育創新不會讓台灣的高等教育成為教育租界或國際文憑公司。