示範區草案年初送達立法院，但受到兩岸服貿協議無法過關衝擊，朝野決議4月14日前開5場次公聽會後，再逐條審查。
公聽會上學者專家提出各項疑慮，如區內外國貨主的內銷政策得有10%免營利事業所得稅優惠，造成區內外業者不公平競爭；農業加值政策疑似無審核機制，將導致國內農業受損，及示範區發展觀賞魚產業，也應兼顧保育觀念等。
國家發展委員會表示，示範區特別條例第33條對於外國營利事業在區內簡易加工後的一成產品內銷免徵營所稅，原本就不含農產品，未來將在條文明確排除農產品適用。
至於示範區特別條例47條放寬保育類動物輸入，原意雖是針對觀賞魚增加可輸入品種，但條文寫法可能誤導，將排除所有野生動物適用野生動物保育法規定，未來將明定限縮在觀賞水族動物。
另外，為避免外界對於徵收有剝奪人民財產權或圈地等負面影響，也將刪除涉及徵收、區段徵收等相關規定，回歸既有法令機制辦理。
國發會重申，示範區是要接軌國際，創造加入區域經濟整合的有利條件，陸資來台投資仍須進行實質審查及加值後農產品如仍屬管制品需全數外銷，不會進入國內市場等立場。