軍聞社日前訪問國家發展委員會副主委宋餘俠表示，行政法人最大特色在於給予有關人事、採購、預算方面較高的彈性與自主，更能順應環境變化，展現更高的效率與活力。
宋餘俠說，中科院是執行特定的公共任務，包括從事國防科技研發、國軍特定武器研製及軍民通用科技的推廣，顯然不是民間外包可以承做，且須與政府保持一定程度的互動關係。因此，經過長期規劃與評估，「行政法人」成為中科院轉型的較佳選項。
各界對中科院轉型較大的疑慮在於國防科研工作有許多須特別保護的敏感內容或技術，對此，中科院院長張冠群少將接受軍聞社訪問時強調，有關「保密」工作的執行與管理在轉型前後都是一樣的，均受國家機密保護法規範，轉型後將原來主管保防安全機制運作的單位提升位階為「安全督察室」，絕對能有效維護機密資訊。
中科院表示，預計5月會舉行掛牌典禮，將邀請總統馬英九參加。