穆勒被指控在1987年撰寫的博士論文中有些段落是抄襲，沒有註明出處。穆勒在德國媒體詢及相關問題時則否認。他的發言人說，會配合雷根斯堡大學的調查。
穆勒並非首位被指控論文抄襲的部長。前國防部長古坦柏格（Karl-Theodorzu Guttenberg）在2011年被檢舉當年通過貝羅伊特大學（Bayreuth University）博士考試的論文，多處段落完全是移植自一篇「新蘇黎世日報」週報的文章。
古坦柏格論文抄襲經調查屬實，不但博士頭銜被撤銷，也黯然辭職。這個事件成為2011年德國政壇最大的風暴之一。
前年前教育部長夏凡（Annette Schavan）也被控她在1980年出版的博士論文「人格與道德心」嚴重抄襲。海恩瑞奇-海涅大學（Heinrich Heine University）經過幾個月的調查後宣布，校方認為夏凡當年的博士論文有多處抄襲，決定取消她的博士頭銜。夏凡也在去年年初因抄襲事件請辭。