四階段溝通與二階段國安審查法制化
根據政院版，在協商議題形成、協商議題業務溝通、協議簽署前、簽署後等四階段向國會及公眾溝通；至於國安審查的初審，由行政院召開跨部會、學者專家討論，再交由國安會複審。如無國安疑慮，應舉辦公聽會，並進行影響評估，直到簽署後才公布協議文本。
協議內容涉及法律修正或應以法律定之者，應在簽署後三十天內報請立法院審議，如無法律修正必要，則送立法院備查。如審議案三個月未審查視同通過，可延展一次。王郁琦坦承，此部分是依現行兩岸條例的規定。
王郁琦也批評，民間版抄美國快速授權法案「只抄一半」，僅參考國會事前參與，對後半段的限時包裹表決卻未納入。而且美國與台灣的憲法規定不同，美國將國際貿易事項授權國會，但其他憲政國家對外談判都是行政權。
行政院長江宜樺也質疑，民間版不是在兩岸憲政架構下展開，藉此更改國家認同跟地位，讓兩國論變成法律。
質疑民版還沒上談判桌底牌就全都露
王郁琦指出，民間版的締結計畫須經立院同意後才能協商，只有涉及國安才能以秘密會議形式召開，如此「談判的底牌會被對手掌握」，還沒上談判桌就「全都露」。王指出，按照民間版，已簽署的協議如未經立法院的議決，不生國內法效力，這樣過去簽署的兩岸協議都要重新來過，執行上有實質的困難。
至於如政院版先經立院通過，待審的服貿是否適用？王認為，服貿必須適用；但服貿如三個月還未審完，可以再延一次，如還沒有通過，就必須視為「已審查」。但朝野協商要求服貿逐條審查、表決，對後來生效的這個法律有何影響？必須做更仔細的研究。
王郁琦也說，如果服貿未通過，勢必要重啟協商，如果對方不願意重談，結果就是「協議作廢」，因為重新協商不是單方面可以決定。