總面積193公頃的十八羅漢山自然保護區，除了提供原棲地動、植物，不被打擾的空間，近年也透過森林調查，發現一度絕跡的「田代氏鼠尾草」，然而如此珍貴的自然環境，卻沒有特別設置阻絕設施，導致經常發生遊客誤闖事件，這種自然保護區的保護方式，被民眾批評有名無實，發展與保育之間如何取得平衡，也成為了地方上難解的議題。
從荖濃溪左岸眺望，十八羅漢山陡峭直立的山峰，讓人彷彿置身桂林山水美景，自然保護區，在林務局管制20多年後，成功讓野生的山豬、山羌、獼猴等動物，提供一個安全的生存空間，長期在保護區進行研究的葉慶龍教授，更在保護區內發現消失，超過90年的「田代氏鼠尾草」。
屏科大森林系兼任教授 葉慶龍：「這裡比較潮濕，還可以看到田代氏鼠尾草，民國8年時日本人發現的，後來學術界都沒有找到，那我們要來這裡調查的時候，才發現到，後來我們又再發表，這個是重新發現的植物。」
走進同樣位在保護區範圍的5號隧道，一隻一隻的摺翅蝠，倒掛在岩壁的上方，屏科大動保系教授孫元勳指出，隧道涼爽又安靜的環境，很適合成為蝙蝠的棲地。
屏科大野保所教授 孫元勳：「蝙蝠很容易受到干擾，特別是白天的時候，如果我們這樣進進出出去拍，這些蝙蝠可能受到驚嚇，牠可能會暫時會離開，但是如果能夠適度保存的話，應該會吸引更多的蝙蝠，進住到這樣的一個洞穴，目前這邊的數量，至少500到1000隻左右。」
林務局屏東林管處處長 黃妙修：「從保育的方面，我們還沒有完全做完，科學的調查，所以很多保育是不可回復的，我們希望在現有的森林法跟保護區的管制之下，能夠取得一個平衡，所以我們不贊成，在毫無配套措施之下，全面的開放。」
雖然林務局將6座隧道中的其中5座納入保護區範圍，但原本應該要管制的保護區，實際上卻沒有相關阻隔設施，不管是居民或是遊客都可以輕鬆穿越遂道，這讓想要開發隧道觀光又被林務局阻止的六龜居民而言，保護區的規範形同虛設。
六龜區新興里 里長 邱瑞明：「你林務局從頭到尾幾10年來，完全都沒有關心到這一塊，現在(地方)要說開發了，你們(林務局)才來提起說，要來關心動植物的保護，你們根本有怠惰的心態，不想去做事。」
林務局屏東林管處處長 黃妙修：「我們林業執法的人員，是可以處理的，巡山員或我們的職員，但是基本上，對於不是惡意的，我們盡量勸導跟他說明。」
欠缺完善阻絕設施，讓保護區直接暴露在人為干擾的風險下，在保育不可恢復的前提下，林務局對保護區的對待顯得不夠謹慎，面對保育與開發的對立，六龜區公所也表示，會積極向林務局爭取，讓隧道與保護區能夠切割，讓居民有機會發展在地旅遊。