行政院發言人孫立群表示，除「四階段對外溝通諮詢機制」及「兩階段國安審查機制」入法外，草案也明訂國會監督相關程序，即協議送到立法院後，可變更成審議案，但必須尊重「立法院職權行使法」，三個月沒有審查視同通過，可延展一次，讓協議變成審查案後，不致「掛在那裡掛很久」。而若立院審議後遭否決，就必須重啟談判。
邱文聰：仍是行政專擅 國會無法監督
中研院法律所副研究員邱文聰批評，政院版草案「空到離譜」，試問以後所有法律案送立院後三個月未審查，就可自動生效嗎？而立法院審議不過，本來就沒有國內法效力，因此重啟談判的說法沒有意義。國民黨在立院人數優勢下，政院版可能通過，未來仍繼續行政專擅、國會無法監督，「所有都是騙局一場」。
參與制定民間版草案的邱文聰強調，民間版的重點在於協商完成後，不能馬上簽署，必須在協商後、簽署前進行影響評估，如官方跟民間評估有差距，必須做國會聽證，在沒有簽署前都有轉圜的餘地。
吳豪人：政院版升高爭議 根本不該提
有人質疑民間版等於是在簽署前將我方底牌「全都露」，邱文聰解釋，談的時候保密，並沒有要求公開，甚至提出締結計畫書時，只要說明政策目標、遇到的阻礙等，也可以秘密會議形式，並沒有談判籌碼曝光的問題，但協商後，所有資訊都要公開。
輔大法律系副教授吳豪人也說，馬英九的認知跟人民訴求完全不同，現在的爭議是兩岸關係原該是憲法層級規範，但憲法授權給法律、法律又授權給行政權，而國會又被馬綁架。行政院不該提出版本，應就立法院的提案討論。政院版草案只會升高爭議，如果又是硬幹、強行通過，國民黨年底也不要選了。