國發會指出，台灣自從2002年加入世界貿易組織（WTO）後，多邊談判卻因故停滯，邁向自由化的腳步也慢了。
國發會說，當區域經濟整合成為新趨勢，韓國、新加坡、香港等先進經濟體，以及緬甸、寮國等發展中國家已經是區域全面經濟夥伴關係（RCEP）成員，越南、馬來西亞更加入了跨太平洋夥伴協定（TPP），台灣的國際經貿處境也更加艱困，無可避免地面臨自由化的壓力。
為了釋放產業活力，創造經濟動能，國發會強調，也為參與區域經貿創造有利條件，台灣需要加速經濟自由化；然而，由於國內對市場開放仍缺乏共識，產業保護心態濃厚，因此透過示範區推動小規模自由化，先試先行，使國內法規及行政措施能與國際接軌。
國發會並且指出，示範區也將選擇具發展潛力、可創造多元效益的前瞻性經濟活動做為推動重點，讓政府可藉由示範區試行創新管理模式，企業可試行創新營運模式；如果試行成效良好，就可以全國推動，加速台灣自由化的進程，使台灣成為「自由經濟島」。
而自由經濟示範區包含高雄港、台中港、台北港、基隆港、蘇澳港、安平港，以及桃園航空自貿區，還有屏東生技園區。
又政策的第一階段以上述自由港及農業園區為基礎，第二階段會指定試點，不適合放進園區的，就在原地分級管理。