第1階段獲補助的12所大學，都繼續獲得第2階段經費補助，總經費新台幣200億元。值得注意的是，教育部已於日前宣布第2階段期程由原本的2年，延長為2年9個月，因此如果以每個月獲得的經費計算，12所大學都實質減少。
在不考慮期程延長的狀況下（以每年經費計算），台灣大學、成功大學、台灣科技大學、政治大學、長庚大學的經費減少；清華大學、交通大學、中央大學增加；陽明大學、中山大學、中興大學、台灣師範大學不變。
台大、成大2校獲得的補助仍然最高，但經費減少最多，教育部高等教育司長黃雯玲解釋，考量2校8年來在邁頂經費挹注下，基礎建設已大致完善，才略為調降經費。
另外，邁頂計畫新增補助3個研究中心，包括中國醫藥大學中醫藥研究中心、台北醫學大學癌症轉譯研究中心、元智大學大數據與數位匯流創新中心。加上原來的台灣海洋大學海洋中心、中正大學前瞻製造系統研究中心仍繼續補助，共有5校、5個中心被納入「邁頂」。
跨校整合計畫依舊有3組獲補助，包括「強化獲補助學校人文社會領域卓越發展計畫（政大、台科大、台師大）」、「台灣聯合大學系統（中央、交大、清大、陽明）」及「台灣綜合大學系統（成大、中興、中山、中正）」。
黃雯玲表示，邁頂計畫第3期預計於106年開始，仍會盡量維持每年新台幣100億元規模，但仍要考量政府財政負擔能力。第3期的執行方式，也可能會有所改變，例如加強與產業的連結。