教育部指出，考評結果，第1階段獲補助的12所大學，都繼續獲得第2階段經費補助。部分學校經費略有調整，除考量績效成果外，另一個原因是基礎硬體建設已陸續完工，「階段性目標」達成。
其中台灣大學獲得新台幣60億元經費（以下皆為2年9個月），成功大學獲得31億元，清華大學24億6000萬元，交通大學20億6000萬元，中央大學14億2000萬元，陽明大學10億元，中山大學8億元，中興大學6億元，台灣科技大學3億4000萬元，政治大學3億8000萬元，台灣師範大學4億元，長庚大學3億8000萬元。
另外，邁頂計畫新增補助3個研究中心，包括中國醫藥大學中醫藥研究中心、台北醫學大學癌症轉譯研究中心、元智大學大數據與數位匯流創新中心。